Основная особенность структурного синтеза - неоднозначность.
При формировании функциональной структуры объекта производится выбор функциональных элементов (модулей) для реализации каждой из выделенных частичных функций. Соответствие функций и функциональных модулей неоднозначное.
При формировании морфологической структуры объекта производится замена функциональных элементов (модулей) на конструктивные элементы (модули). Соответствие между функциональными и конструктивными модулями, как правило, также неоднозначно - одна и та же функция может быть реализована разными конструктивными элементами.